Ook in het najaar kunnen er klachten optreden die lijken op hooikoorts. Van een beperkt aantal planten komt nog pollen vrij in de lucht. Het kruid Alsemambrosia kan lokaal voor overlast zorgen en deze plant wordt dan ook door de NVWA bestreden. Ceders, statige bomen in parken en grote tuinen, vaak bij kerken en kloosters aangeplant, bloeien in de herfst en geven dan lokaal veel geelkleurig pollen af. Dit pollen is matig allergeen.