Ook in het najaar kunnen er klachten optreden die lijken op hooikoorts. Het kruid Alsemambrosia kon lokaal nog voor enige overlast zorgen en deze plant wordt dan ook door de NVWA bestreden. De bloeiperiode van Ambrosia is momenteel echter afgelopen. Ceders, statige bomen in parken en grote tuinen, vaak bij kerken en kloosters aangeplant, bloeien in de herfst en geven dan lokaal veel geelkleurig pollen af. Dit pollen is matig allergeen en een klein aantal mensen reageert op dit stuifmeel.