Stuifmeel afkomstig van planten komt nauwelijks in de lucht; immers alle aan de lucht pollen afgevende planten zijn uitgebloeid. Ook Ceders, Ambrosia, andere kruiden en grassen zijn vrijwel niet meer bloeiend aan te treffen.

Toch treden er ook in het najaar en de herfst klachten op die lijken op hooikoorts. Het gaat dan vooral om sporen afkomstig van schimmels. Schimmelsoorten die een rol spelen bij de afbraak van afgevallen plantenmateriaal verspreiden hun sporen. Berucht zijn Cladosporium en Alternaria, die grote hoeveelheden sporen in de lucht brengen. Ook de vele paddestoelen die na een flinke hoeveelheid neerslag zich vertonen, kunnen grote hoeveelheden basidiosporen afgeven. Denk aan zwammen als de Aardappelbovist en dergelijke waaruit, als je er op trapt, hele wolken met miljoenen sporen tevoorschijn kunnen komen. Deze sporen zijn kleiner dan pollenkorrels en dringen dieper door in de longen. Mensen kunnen er met hooikoortsachtige klachten op reageren.